De huismuis wordt volgende het RIVM (Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu) niet gezien als een belangrijke verspreider van ziekten. Wel noemt het RIVM ziekte gevallen door andere soorten muizen maar meestal betreft het dan ziekten in het buitenland.
Muizen kunnen bacteriën en virussen verspreiden via hun speeksel en uitwerpselen, zoals het Leakyvirus (een hantavirus) en de ziekte van Weil. Deze verspreiding kan snel gaan omdat de muizen overal aan knagen en lopen. Het is ook van belang dat het aangeknaagde voedsel direct wordt weggegooid.
Er zullen altijd individuele gevallen van besmetting zijn via de muis (huismuis, tam of andere soort) of van zijn uitwerpselen en urine, maar deze ziektes kunnen meestal door veel verschillende soorten dieren op de mens worden overgebracht. Dus ook de tamme muis, een cavia of hamster, een hond of een kat kan dan de ziekte overbrengen. Zo is de urine van de hond ook een verspreider van de ziekte van Weil.